《爱国者法》共分10个部分，覆盖与国土安全和打击国内恐怖主义活动相关的领域，包括执法部门之间的情报分享、提高刑法效率、监控潜在恐怖主义分子、防止国际洗钱活动、加强国界的保护、加强对外国人出入境的管理、为9·11袭击的受害者提供帮助等。核心条款是为联邦执法部门在打击和调查恐怖主义活动时提供法律上的正当性，放松或解除先前的限制，赋予执法部门——如司法部、联邦调查局等——足够的执法权力和空间，使它们能够及时、广泛、尽可能不受限制地搜集和分享相关信息，并对嫌疑人展开必要的、迅速的拘捕。该法案还增加了对恐怖主义分子和各种形式的恐怖主义活动——包括使用核武器、生化武器、炸毁政府财产、劫持航空器、放火、杀害联邦官员、袭击通讯设施等——的惩罚力度，并严禁任何人隐藏、辅助和资助恐怖主义分子。
从字面上看，《爱国者法》的目的是加强安全控制，提高司法效率，增强情报部门的监控能力，但实际上该法对“国土安全”做了重新的定义：恐怖主义行为不再只是一种犯罪行为，而是一种威胁美国安全的战争行为；政府的反恐活动在性质上也发生了变化，从制止犯罪活动提高到进行战争。在新的逻辑下，恐怖主义者不再被视为普通的罪犯，而变成了威胁美国国家安全的敌人，性质也发生了变化。《爱国者法》将国家安全置于最重要的位置，与国家的存亡联系起来，在这种情况下，政府对公民自由和公民权利的保护就变成是有条件的了。联邦法律从注重对公民权利的保护转移到对国家生存的考虑。“自由”和“权利”不再是理所当然的公民权，而变成了一种由政府来决定谁可以享有和何时可以享有的“特权”。
《爱国者法》也将美国的反恐策略从回应危机的反应式策略，转换为先发制人式的预防式策略，即政府应将重心放在阻止和防止恐怖主义事件的发生，而不再是在恐怖主义袭击发生之后对犯罪分子进行侦办和起诉。因此，收集犯罪嫌疑人的证据升级为对敌对分子情报的搜集，原先处于隔绝状态的联邦调查局与中央情报局需要分享情报，两者的关系将从竞争变为合作，国内安全与国际安全需融为一体，通盘考虑。这种认知是全球化时代美国政府对国土安全问题思考的一个重要转向。
《爱国者法》的实施
《爱国者法》极大地扩大了执法部门在几个方面的权力。在监测方面，《爱国者法》赋予联邦调查局和司法部所有可以使用的监测权，扩大了联邦调查局的活动空间，减少了对该局行动的法律限制。《爱国者法》第505条规定，联邦调查局可无需经过联邦法院的许可，直接从互联网经营商处获取用户的私人信息，包括信用卡号码、银行账号、交易记录、对互联网的使用情况（包括用户访问的网址和访问时段等）。获取这些信息的理由被笼统地包括在“国家安全需要”的名义之下。也就是说，只要联邦调查局认为被调查对象与对国际恐怖主义活动或秘密情报的监控有关，就可以对其进行监控和获取相关情报，无需经司法机构的审查和批准。这项看似平淡无奇的规定实际上牵涉到范围广泛的机构和行业，包括了所有提供电子邮件和互联网服务的运营商，也包括所有提供互联网设施和服务终端的图书馆、学校、公司、企业等。在《爱国者法》的庇护下，联邦调查局的执法人员可以任意搜查和获取电脑使用者的信息，可以向任何图书馆索取使用者的图书查询记录或网页浏览记录，可以向任何旅馆等场所发出提供客人信息的要求。以这些方式获取的涉及个人权利和隐私的信息如何得到监控和管理，则完全处于公众和司法机关的监控之外。联邦政府执法人员可以十分便捷地获得法院命令，搜集任何值得或受到怀疑的人（包括公民和非公民在内）的私人信息。法案也给予执法人员以无需法院搜查命令而进入私人住宅进行搜查的权力。
在《爱国者法》的允许下，国防部下属的“北部指挥系统”（Northern Command）新建了两个国内情报收集中心，国防部也批准了反情报体系的建立，负责搜集和分析从司法部门、军方和情报系统获取的情报。国防情报系统等机构开始对互联网的行动进行扫描。全国地理空间情报局（National Geospatial-Intelligence Agency）开始在133个城市搜集情报，并具备了获知每一户居民的详细信息——包括居住者的家庭人数、关系及背景，他们的政治倾向以及原始国籍（如果是新移民的话）——等情报的能力。除国防部外，其他的联邦机构，如司法部、国土安全部、财政部、交通部也都创造了情报监测和搜集系统。《爱国者法》还对1978年《外国情报监测法》（Foreign Intelligence Surveillance Act， FISA）做出了重要的修改。《外国情报监测法》原先准允联邦执法部门使用秘密监测的手段对外国势力进行监视，但其实施受到立法和司法部门的严格限制，执法部门需要出具足够的理由，并征得法院的同意后才能实施；《爱国者法》则将这项法律的适用范围开放到对国内情报的监测，允许执法部门只需说明外国情报构成其调查过程中的“一个重要目的”之后，就可以对怀疑对象实施搜查和监测，包括获取电脑存储的信息。按照联邦司法部长阿什克拉夫特的说法，只要政府监测的目的与普通的犯罪相关，该法都可以实施。这等于打通了联邦调查局的刑事检控与情报搜集两个领域之间的障碍。在《爱国者法》的规定下，联邦司法部门可以根据需要，任意界定对个人或组织进行搜查的理由，只要与反恐有关，个人电脑中的信息可以随时被搜查与监控，无需通过审查程序、申报和司法批准。这意味着，那些与外国政府毫无关系、不担任外国政府代理人的公民或在美国居住的人，只要被执法部门怀疑与恐怖主义活动有联系，其个人电脑的讯息可以处于政府的监控之下。这些规定大大扩展了《外国情报监测法》的实施范围，而在这之前，该法只是秘密地在有限的范围内实施。
除此之外，司法部还建立了自己的监控系统。2002年1月，司法部建立了恐怖主义信息与预防体制（Terrorism Information and Prevention System, TIPS）项目，即“一种对犯罪嫌疑活动的全国性报告体系”（a national system for concerned workers to report suspicious activity），目标是招募数百万美国卡车司机、邮递员、火车检票员、轮船船长、公用设施管理者等作为司法部的线人（informant），随时向政府报告任何不同寻常和值得怀疑的行动。这项计划被媒体曝光后，引起了国会的极大愤怒，国会要求司法部立即关闭类似的项目。一家澳大利亚的报纸称，如果这个项目得以实施的话，“美国将拥有比前东德更高的线人公民的比例”。
在住宅搜查方面，《爱国者法》也放宽了原有的限制性规定。根据原有的法律程序，对公民住宅实施搜查，需要从法院获得搜查许可令（search warrant），而获得搜查许可令本身需经过严格的申报和批准程序；在搜查时，必须采用“敲门与通报”（knock and announce）的程序。但在《爱国者法》的规定下，只要执法人员事先向法院通告，执法人员就可以在不通知嫌疑人的情况下，对嫌疑人住宅进行所谓“隐秘式搜查”（sneak and peek）。虽然这种被称为“延迟通报”（delayed notice）的住宅搜查以前也曾为法院所允许，但《爱国者法》允许执法部门无期限地这样做，并将这种针对个人住宅的无通报式的搜查变成了一种政府的合法行动。令人感到尤其不安的是，这种做法可以被用于几乎任何形式的犯罪调查过程。连联邦司法部都承认，在153桩类似的搜查事件中，只有12%的搜查与反恐有关。2006年《爱国者法》获得延期之后，国会开始要求司法部门须在“延迟通报”式搜查发生后的30天内向联邦法院行政办公室（Administrative Office of the Courts）通报与搜查申报程序和搜查本身相关的情况。
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