蒙古族无文字，成吉思汗时曾一度使用维吾尔字头拼写的蒙文，但有诸多不便。为此，阔端曾受命萨迦班钦创制新蒙古字，但终未完成。其后阔端与萨迦班钦相继去世。1253年，忽必烈征鄂州后，班师返回途经六盘山时，邀请时年19岁的八思巴召见，送至平开供养。
1256年，吐蕃黑帽派高僧噶玛拔喜，应蒙哥汗诏，赴漠北帝都哈剌和林谒见蒙哥汗，赐其金边僧帽和金印。并命他“继续增补萨迦班钦所造之蒙古新字，但亦未使其完善。”但亦未能完成创制蒙古新字。
1260年忽必烈在开平（上都）即元朝开国皇帝大位，随即尊八思巴为国师，授其“灌顶国师”玉印。同年命八思巴返藏，继续研制蒙古字。1269年，八思巴研创蒙古字成功，前往大都（北京）觐见忽必烈帝。据《续藏史鉴》载：“字成上之，帝大悦，遂始赐僧人统国之权”。 封他为“帝师”，并受“大宝法王”印，将吐蕃地方和13万户藏民，封赏他统辖。从此，于“1270年，忽必烈将所称红帽系的喇嘛僧人扶上了西藏的宝座，获得蒙古人支持和保护的萨迦政权从此开始”
1276年，八思巴再次返藏，执掌吐蕃法王兼治理吐蕃地区行政王，成为吐蕃最高宗教和政权首脑。从此确立了吐蕃政教合一的统治地位，并巩固了吐蕃地区为元朝大统一的隶辖版图。从八思巴受封“帝师”，至元朝灭亡，吐蕃（西藏）高僧受封蒙古皇帝“帝师”者，多达成15人以上。蒙古历代帝王尊奉喇嘛教，建立起“师尊与弟子”关系，成为其维护对蒙藏人民有效统治工具。并以此为纽带形成蒙藏文化、宗教的密切关系。
西藏喇嘛教各派之间的斗争，在不同历史时期，占据的统治地位，是与中原王朝政治统治者对其的支持与否，具有密切关系。1368年，自朱明王朝建立后，仍沿袭元朝治理吐蕃的旧制，极力支持帕竹噶举派，从此噶举派政权在吐蕃历史舞台上，占居了统治地位。
1409年（明永乐七年），宗喀巴在拉萨创建格鲁派（黄教），主持祈愿大会，并兴建噶丹寺“以安众僧”，成为格鲁派的创始人。其后明成祖派钦差来藏迎请他赴京传法，因辞未去。当派遣其大弟子绛青曲结代表他前往北京，明成祖国即封他为“大慈法王”。其后明宣宗又封他为“国师”。此后他赴蒙古等地传扬黄教，“是黄教传布内地之始”。
1416年，宗喀巴的弟子嘉祥曲结尊师之命，在拉萨东郊建立哲蚌寺。1419年，降青曲结，在宗喀巴圆寂之年，又在拉萨北郊兴建色拉寺。同期，在西藏各大寺木刻印刷《宗喀巴大师文集》、《萨迦五祖文集》等著作和经卷，广泛流通于蒙藏地区的各个寺院。这对喇嘛教格鲁派在蒙古地区发展和促进蒙、藏文化交流，起到了积极的作用。
此后，喇嘛教的经典著作《大藏经》等，在蒙古各地寺院普遍收藏、翻译，成为蒙古喇嘛僧众诵读的必修课程。同时，佛教文化、哲学等，通过各寺院的喇嘛群体，成为向蒙古社会传播宗教知识、文化的重要途径。
二、俺答汗等与格鲁派首领的关系 1480年，成吉思汗十五世孙孛尔只斤·巴图蒙克被选立为北元的大汗，称达延汗（时称小王子）。在其妻满都海哈屯辅佐下，击败瓦剌部，统一了漠南蒙古诸部。并分封其诸子为左、右两翼，各领三万户领主。
1507年，达延汗之孙俺答汗（亦称阿勒坦汗）为控制蒙古右翼土默特部的万户首领。其势力强大后， 迫使左翼万户首领察哈尔部林丹汗迁往辽东边外。1550年（嘉靖二十九年），淹答汗率大军兵临北京城下，胁求明朝政府开宣府、大同等地马市。后又要求开延绥、宁夏、甘肃等近边马市11处。
1559年，俺答汗率兵进入青海。1566年，俺答汗与鄂尔多斯部库克台彻辰洪台吉率兵攻占西藏安多地区，并派遗代表与西藏佛教首领接触，“劝其归顺，共同供奉佛教；若不归顺，即以兵戎相见。”西藏宗教首领，协商后决定归顺蒙古。并派遗高僧勒尔根、阿斯多克·赛音班第和阿斯多克、瓦齐尔·托迈·桑噶斯巴三人随同库图克彻辰洪台吉来蒙古传教。从此，俺答汗与西藏格鲁派建立了联系。
1571年，俺答汗接受明朝封“顺义王”爵，同年，西藏高僧阿辛喇嘛来会见俺答汗，规劝他皈依佛教，敬奉三宝。其三宝者：“即佛、法、僧，信佛者不拜其他诸天；信圣法者不杀人害命；信僧者不信异教旁门。”并将喇嘛教的六字真经和教义，示于俺答汗、钟根哈敦为首的蒙古众人。又向俺答汗建议：“若如先圣鞠躬尽粹薛禅汗（忽必烈）、八思巴喇嘛二人一般，建立施行政治、宗教并行之制时，（如）西土我图伯特（吐蕃）孟克（指拉萨）地方。”俺答汗听了他讲解的喇嘛教的教义后，颇受其感化。从此，蒙古大汗与喇嘛教格鲁派建立了密切关系。
1577年（万历五年），西藏萨迦寺喇嘛索南嘉错（即三世达赖），应淹答汗邀请前往青海传法讲经。并在青海宗喀巴诞生地一座塔旁，命杜瓦曲结沙嘉错喇嘛兴建寺庙，取名藏贡札仓（即塔尔寺）。
1578年，淹答汗以年暮，厌兵，改尊奉喇嘛教，在青海湖东之察布齐勒雅地方兴建了仰华寺。又派遣鄂尔多斯之彻辰洪台吉、土默特之达延诺延为首之三千人众，迎请赖索南嘉错前来仰华寺供养。1580年，索南嘉错应邀抵达仰华寺，俺答汗与其会晤，并”献币帛珠宝驼马无数算“ 。索南嘉错向俺答汗宣讲佛教教义，劝其戒杀行善，废止蒙古贵族的夫死妻殉等恶习。“俺答感其化，令蒙人皆奉佛教，持戒诵经，月斋三日，禁止杀牲渔猎”。索南嘉错赠俺答汗以“咱克喇瓦尔第彻辰汗”（梵语意为：转金轮王）尊号；当即俺答汗回赠索南嘉错：“圣识一切瓦齐尔达喇赖达喇嘛”尊号，自始“达赖喇嘛”之称号被确定。不久，俺答汗返归化城（今呼和浩特）兴建锡勒图召，供奉索南嘉错达赖喇嘛，并请他向蒙古民众传播佛法。
继淹答汗之后，蒙古各部封建领主，竟相效法引进喇嘛教，以巩固其政治统治地位。在蒙古首领带头尊奉佛教影响下，西藏喇嘛教在蒙古地方广为传播，达赖喇嘛之名亦遍及蒙古各地。
1588年，索南嘉错（达赖喇嘛），应明神宗邀请赴北京讲经，同年二月二十六日，在赴京途中圆寂。
1589年正月初一日，三世达赖的化身，于土默特部台吉彻辰曲库尔（亦名苏弥尔，即淹答汗之子）之王妃巴堪珠拉“如白莲出污泥而不染，不染胎衣秽污脱胎而生。”灵童诞生时，“出现了许多令人惊异的征兆”。
1602年，西藏三大寺尊照索南嘉错临终时的遗嘱，派遣代表前来内蒙古地方访寻在达赖的（化身）转世灵童，认定云丹嘉错为3世达赖转世灵童，迎请入藏。先于藏北热振寺举行坐床典礼，然后迎入哲蚌寺学经、受沙弥戒。1607年，云丹嘉错赴札什伦布寺，向四世班禅罗桑曲结求法，拜班禅为师。1616年，四世达赖云丹嘉错在哲蚌寺圆寂，时年28岁。
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