就生态系统而言（其模型在后文有更详细的解释），宋代之后的中国历史长循环中，出现了资源及资源开发的不稳定的平衡，最后，到了1800年左右，整个系统进入了一个脆弱的境地，各地的子系统没有了富余度和多样性，从而丧失对抗灾变的应力。因此，当太平天国战争、北洋军阀时代还有抗日战争这些政治社会的重大事件引发大规模的扰动的时候，系统很难恢复到之前的平衡。之后的大跃进把整个系统和其子系统都带入了一个剧烈的生态危机，而且在中长期使整个生态系统的性质发生了翻天覆地的根本性的变化。经历了1960年代早期的恢复，文革和改革开放时期发生的事件又构成了对系统的一系列不同程度的震荡。虽未造成系统性的影响，它们对后大跃进时期系统的恢复力是个考验，就像前大跃进时期的系统为19世纪和20世纪初的事件所考验一样。
在我看来，二十世纪中国历史如此看重文革，而不是其之前和之后发生的大部分事件，其原因要归结到历史的书写者，无论是那些成功的美国公民写的各式各样的诸如《鸿》（张戎，1991）、《红杜鹃》（闵安琪，1995）、《吃蜘蛛的人》（杨瑞，1997）、或甚至是《红幕后的洋人》（李敦白，贝内特1993）一类的书，还是教育部为中国的新一代准备的五颜六色的历史入门图画书。这些历史的书写者们早已远离了基层的中国，即便他们曾在1969年到1976年间到过那些地方。更接地气的人看问题就会有所不同，从高默波的《高家村》一书中就可见一斑。这不是否认知识分子和其他人在文革中遭受的真实的磨难。问题是这是否是事情的全部。其它惨剧仍萦绕于历史学的想象中。整体来讲，中国史是由知识分子所写，其内容或是关于知识分子的，或是他们想象中的这片土地上的人民的。到今天，那些面朝黄土背朝天的下层人民仍不为人所聆听，当然我也并未打算为他们代言。我想做的，是用历史和科学充实南山的学人们所提出的理念。
社会生态系统，社会系统模型，和生态系统模型
从生态角度分析中国近代史，呼吁是一回事，实践就是另外一回事了，而且实践要复杂的多。在这部分，我会从这个领域浩瀚的概念和理论中，挑选一些可能对实证分析有帮助的，介绍这些概念和理论的发展。
“复杂人类生态系统”这个概念作为更普遍的“复杂适应系统”的子集演化而来。托马斯·阿贝尔(Thomas Abel)仿照西蒙·列维（Simon Levin）等人将前者简要概括为：“物质和能量的自组织系统，在空间中有多种尺度，在时间上被局限，并展现出包括脉动、溃散、循环、和混乱的复杂动态。作为生态系统，他们是采集并利用能量和物质的空间实体，依来自不同尺度的信息组织而成。作为复杂系统，他们是具有能量属性的自组织现象。作为‘人类生态系统’，他们被自己所掌控的物质资产、社会组织、和文化模式所支配。”
在检视复杂人类系统之时，我们就开始弥合两种文化的缝隙了。我们看到社会理论和生态理论之间的相似和相互影响之处。社会科学这边，我们有施坚雅及其学生们发扬光大的中心地理论和核心—边缘理论一类的模型，还有因被沃勒斯坦和弗兰克及他们的无数信徒使用而闻名的各式各样的世界系统理论。这两套理论交叉之处产生的最重要的空间概念有三：第一，人类系统是层层嵌套的，不同层级相互影响，就如同市集及其腹地组成的环环相扣的六角网格（译注：指中心地理论）。第二，任何系统或子系统，不论在系统层级中位置如何，都有核心和边缘，核心处和边缘处的子系统之间，就人员、物资、和信息的交换来讲，无论何种的互动都是不对称的。第三，层叠系统的等级结构依所交换之物种类而不同，施坚雅讨论晚期帝制中国重叠但不同的市场和管理等级结构时已有例举。
从生态角度讲，嵌套、核心-边缘、和一层一层的系统中功能不同的模块，这些社会系统的概念在生态方面都有较为直接的对应。例如，研究流域生态系统时，嵌套和核心-边缘系统的概念都很有用。每个流域系统都有上游子系统注入，反过来也是除最高级外所有流域系统的子系统。而且因为水是往下流的，流域的上游下游部分本身就有能量、水、营养、和有机体交换的不对称关系。但如果我们对照系统内区块的结构看生态系统内流域系统的结构，就会发现他们并不是完全对应，就像各地的市场体系与行政等级并不完全一致。事实上，施坚雅不仅在他的区域系统分析中把生态系统的概念当作比喻或背景偶然提及，他的中国空间模型的十个宏观区域和大多数勾勒出的子区域一开始都基于水流域结构，尽管进一步的分析表明，有时候，在塑造市场及其周边地区人力、讯息、和货物交换中，商道和行政影响上压过了严格地形上的因素。当然，这反过来又印证了一个观点，不同的功能性等级的构造不同，这次把对比的系统范围扩大，社会理论和自然科学理论勾勒的系统都被囊括其中。
复杂人类生态系统的空间部分，单独来看很简单。但是没有静止的系统。社会经济系统和生态系统都时刻在变化，而且不仅因为我们面对历史，而且因为我们面对现实，我们更要考虑系统在不同时间长度内如何脉动、演化、改变、蜕变。任何系统，在任何空间尺度下，针对其内在韵律或外部的干扰，都会在不同的时间通过不同的方式做出改变。一个使任意空间模型具有实际的、实时的运动的方式，是依次考虑下列概念：循环，发生，干扰，可预测性，意外，可持续性，和回复能力。从这些特性的角度考察任意一个系统，并观察不同角色在系统内外的行为是如何利用或忽视了这些性质的，我们就能对20世纪中叶以来中国的历史进程有一个更细致的认识。
循环
每个系统的周期时间长度都不同。农业生态系统中，阳光、营养、和水流动的方向和速率以一年为周期而变化。直接日照和通过空气与水传导过来的光能的变化，和各物种生长、成熟、繁殖、消亡的遗传倾向合力促成了这种循环。与之相似，预算、税收、和支出也遵循一个财年的周期循环。但正如我们可以轻易观察到的那样，周期与周期的峰值并不相同。北太平洋的水温不仅有每年的峰谷，峰谷的高低更有以十年为周期的波动，而这些又进而影响在经济上和生态上都很重要的鱼群的分布。同样，每年美国联邦政府和地方政府的立法和行政活动都受更长的四年一度的选举周期影响，可能还有两党轮流的主导地位，其周期在不同尺度下不同。反过来，这些又被叠加在两党崛起的周期上，这种周期变化莫测，约为数十年，有点像太平洋水温的数十年为周期的波动，但估计没什么因果关系。在更大的尺度下，还有气候变化的周期，其尺度大致在从中世纪（约800-1300）的顶点到1550-1850年间的小冰期的级别上。
近年来，C.S. 霍林和他的拥护者们的工作提出了一种循环的特殊形式，被称为自适应循环，可能对各种生态和社会系统都适用。如下图所示：
它包括两个环和四个状态。前面的环是发展，包括状态“r”，也就是“开采”， 此时系统在组织资源并在内部构建更复杂的结构和子系统。最终，在一种类似逻辑斯蒂增长模型（Logisitic Model）中拐点的转变过程中（逻辑斯蒂模型其实也可以当作自适应循环这个阶段的另一种建模方式），系统的复杂结构，与伴随着的对资源流动更僵硬的固定，使系统进入“k”阶段，“维持”。此时系统需要内部和外部的所有能量来维持自身，这使系统僵硬失去韧性（见下）。系统失去自我修复能力，越来越不能抵挡大的扰动，一旦冲击过强，就会进入后面的环，转变甚至一下子崩溃进入快速毁灭释放期，最后只能重组成为通常略有不同的形式。
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