真正摧毁天主教这一套系统的，既不是宗教改革者们（当然，他们是开端），也并非是启蒙哲人们（他们其实是站在信仰被毁的废墟上和生活哲学的短暂真空状态中的），而是从15世纪50年代开始，持续了一个多世纪的宗教战争。很遗憾盖伊在书中似乎并没有强调这一点，他有点太执着于大思想史，忽略了一些显而易见的事实。从罗马帝国以来，这是欧洲的人们第一次因为信仰而互相残杀。在那一个多世纪的时间中，整个欧洲都是战场——开始是1562年到1598年法国的内战，然后是1642-51年的英国内战，同时发生的是西班牙和它曾经的属地尼德兰的八十年战争（1568-1648）——战争一度打到了我国的南海，西班牙与荷兰的殖民者在这里也开始厮杀。当然，最惨烈的是神圣罗马帝国的三十年战争，这场开始与1618年的大战席卷了整个欧洲，连北欧的瑞典都卷入其中，据估计接近6千万人因三十年战争丧生，这个数字从比例来看远远超过第一次世界大战。
史蒂文·朗西曼在他关于十字军的经典著作中生动的阐释过战争对于一个基督教徒的“异化”作用。他说：“任何一个基督徒不得不面对的基本问题是：他是否有权利去战斗？”在传统的道德观念中，杀人是可耻的，而战争则是一种最为卑鄙的集体谋杀行为。“和一个异教徒战斗是让人蒙羞的，尽管有时候这种情况不可避免；和有共同信仰的基督徒战斗则是双重罪恶。”威斯特伐利亚终止了战斗，可是战争带来的宗教组织的破坏，思想意识的空虚，还有空气里那种期待新生的渴望，却不是一纸和平协定所能够轻易屏蔽的。教皇用尽了一切字眼来谴责这个和平协定，可是除了身旁的几位神职人员之外，没有人听到他声嘶力竭的呐喊。在这场大战临近尾声的时候，欧洲君主的共识是：cuius regio eius religio (吾皇立吾宗）。当基督教在战场上被击败的时候，其信仰在思想市场上也就迅速贬值了。
不过，启蒙思想在欧洲文明上的核心地位，不仅仅是建立在对于基督教的批判之上的，还有科学精神的出现和传播。在盖伊的这套两卷本的书中，下册更偏重于科学在启蒙时代的传播，这当然是启蒙运动无可争议的关键遗产之一。伽利略、牛顿、莱布尼茨这样的人物应当进入万神殿，但是狄德罗、伏尔泰、康德同样是人类思想星空中最闪耀的星，他们立论的依据和目标之一：所有的人类不仅仅是一个“种族”，而且分享共同的价值判断的基础，追求同样一种幸福，因此是同一个人类的大社群，这现在仍是我们的某一种理想。不过，启蒙哲人究竟做出了那些贡献，以至于谢林曾经承认，“整个现代的欧洲哲学，就是启蒙运动到如今的哲学”呢？
这是不容易回答的问题，在本书作者盖伊看来，启蒙哲人最重要的贡献是他们开启了一种现代的“批判精神”。这不是特别新鲜的议论，如作者在书末承认的，这样的观点来自于启蒙运动更早期的研究者卡西勒。通过启蒙运动，批判精神确实渗入了欧洲的精神血脉之中，从此，欧洲走向了一个开放的，持续进步的，不断重审和内省的历史进程中去，这个过程的一个节点（不是终点）是20世纪以来的现代性。启蒙哲人虽然对于理想的未来发出了截然不同的声音，但是整个欧洲却开始彻底思考人类将向何处去，为什么这样的终极问题，最终的答案是笼统又清晰的，那就是人类应该走向更加文明的状态（the state of civilization），在这条自我批判和自我提升路上，没有终点又没有尽头。这条路上并不是没有歧路的，比如卡尔·贝克尔所称的“理性乌托邦”之路，但是，总体来看，传统——一个建构在对于一套思想纲领的反复诠释的安全和稳定的牢笼——被打破了，前面是全新的领域。
需要澄清的是启蒙哲人们并不只是怀疑论者。在开始思考哲学问题的时候，每个人也许都会问自己：“我如何才能真正了解一件事呢？”古希腊的怀疑论者就是这么开始思考的。对这个问题最极端的回答——我们无法真正了解任何一件事情，所有的正义和真理都是相对的——导致诡辩的产生。时至今日，还有人喜欢把这种看上去有点聪明的说法挂在嘴边，作为自我放弃的藉口，或是罪恶的辩护。即便不走到诡辩的极端，古代的许多智者仍然属于怀疑论者，其中最知名的一位叫卡尔内阿德斯，他作为外交使团的成员曾经去过罗马，第一天他发表演讲，声称宇宙中有固定的法则，而今天公民社会的运行，就是靠这些法则来维系的，发现这种法则，就能够实现公平和正义。第二天，他发表了另外一个演讲，声称宇宙只是一系列原子的混乱构成，社会是完全人的创造，法则也都是人来制定和维护的；因此，我们需要用人的理性讨论，找到一套关于社会规则的方案，这样才能实现正义。在这两天中，他都受到了听众热情的欢呼，而且这两天的听众其实基本相同。很快，罗马就把他驱逐出境了，生怕他污染了年轻人的心灵。
启蒙哲人不是卡尔内阿德斯这样的演说家，他们很少鼓动群众——在18世纪的法国，群众主要是农民，伏尔泰觉得他们是无可救药的一群人。启蒙哲人虽然怀疑，但是更希望通过怀疑找到对于怀疑论的解答——也许贝克莱主教是唯一的反例，他比古代的怀疑论者走的更远。大多数的启蒙哲人不想，也不曾成为真正具有原创思想的“哲学家”，他们中的大多数人是巴黎文人，生活在财富和门第的保护网之下。他们的批判是从对于日常生活中的种种怪现象的讽刺开始的，后来发展到讽刺某些身居高位的人，然后才发展到对于当下制度的不满，对于改革和进步的追求，还有一种对于未来的更好的社会的愿景。他们从怀疑出发，认识到自身和当下的不足，但是最终还是希望这些问题能够得到解决，缺点能够被弥补。至于说启蒙运动导致了后来的自由主义，资本主义，世界主义，还有无所不包的现代性，则是把启蒙运动作为一种大历史中的范式来看待，而不是小的历史中的一场运动。
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