事实上，新疆稳定形势在不断发生变化。上世纪80年代发生的动乱事件多定性为不明真相的群众被极少数分裂势力煽动蛊惑。到了90年代，新疆暴恐案件开始演变为有组织、有预谋、有明确政治目的的暴力行为，显然已不是人民内部矛盾。

1988年5月，在全国政协任职的王恩茂提出“新疆的主要危险来自国内外的民族分裂主义”这一论断，晚年一直坚持此论断，直到1996年最后一次公开讲话仍在强调这一点。王恩茂进一步指出民族分裂主义有两个反动纲领：一是鼓吹新疆独立，把新疆从祖国分裂出去；二是鼓吹民族仇恨、民族对立，反对别的民族，特别是仇汉反汉。

王恩茂意识到新疆统一和分裂的斗争是长期的，有时甚至是很激烈的，反对民族分裂主义是关系新疆全局的头等重要战略。“但当时自治区领导层在这一认识上并没有形成统一意见”，王北来对凤凰网说，“有些干部不愿意提反对民族分裂主义，认为这个标签一旦贴出来，对少数民族是一种伤害”。

1990年2月，王恩茂在自治区委员会第七次常委会上对此予以说明：“说反对民族分裂主义是打击少数民族，完全是别有用心，挑拨民族关系。说这话的人只能说明他是民族分裂主义者，或者是同情民族分裂主义者。不能因为受到这种别有用心言论的影响，就不敢讲反对民族分裂主义，不敢同民族分裂主义作斗争，让民族分裂主义猖狂地活动。那必将会犯历史性的不可弥补的错误”。王恩茂也指出那些将民族分裂主义者等同于某一个民族的人，是非常狭隘的。

王恩茂还特别强调要加强思想战线和意识形态领域的反分裂工作，绝不能让民族分裂主义、地方民族主义者混进这一阵地。他指出文宣部门一方面要宣传新疆自古以来就是中国不可分割的一部分的历史观；另一方面要批判新疆就是“东土耳其斯坦”的错误观点，绝不允许反动的独立的思想任意泛滥。王北来告诉凤凰网，父亲在反对民族分裂主义问题上，有很强的底线思维，“所有在这条线上含糊不清、软弱、动摇的人都不能到重要岗位上，这是选拔新疆干部最重要的一条标准”。

1990年的这次讲话中，王恩茂还指出“今后我们必须估计到新疆不仅有可能发生像过去那样的事件，而且有可能发生更大的事件”。

王北来认为，正是当时一些人在反对民族分裂主义问题上的模糊立场，导致民族分裂主义抬头。2个月后，巴仁乡暴乱发生，直到此时，领导层才最终在反对民族分裂主义问题上形成统一认识。1996年，中央7号文件明确指出新疆的主要危险来自民族分裂主义和非法宗教活动。

在王北来看来，父亲当时处理动乱问题的两条原则，以及提出‘新疆的主要危险来自民族分裂主义’这一论断，即使在今天也并不过时。

坚持信教自由也要保护不信教的自由

习近平4月底在新疆考察期间，明确指出“暴力恐怖活动根子是民族分裂主义，思想基础是宗教极端”。而近两年新疆警方通报的历次暴恐案，都可看到暴恐分子“受宗教极端影响”的字眼，宗教极端主义成为新疆暴恐频发的重要根源。

然而新疆宗教极端主义的兴起，有着很深的历史原因。翻阅《王恩茂文集》发现，早在上世纪50年代，王恩茂就曾指出“宗教界还可能有某些人发生违法活动，还有披着宗教外衣的反革命分子进行反革命活动”，“必须注意将违法和非法宗教活动区分，注意将披着宗教外衣进行破坏活动的反革命分子和盲目跟随反革命分子的信众注意区分开来。前者坚决打击，后者坚持团结教育的方针”。

1988年5月14日，在自治区常委会上，王恩茂作了《维护祖国统一，反对民族分裂主义》的发言。在谈到加强宗教工作时，他指出：礼拜寺恢复和新建的数量已经超过文革前的数量，应当适当控制；应该多修学校；培养爱国的、维护民族团结、拥护社会主义的宗教人士；要严格控制派往外国经文学校学习经文的人员；朝觐人员，一定要严格按国家规定派出。

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