1935年，蒋介石坐镇峨眉山指挥“剿共”。据说，当年蒋介石在峨眉山住下后，常与山上高僧交流，亦曾向高僧求得一签，签语是“胜则重（庆），败则（台）湾”。
虽然现在无法证实这则在民间流传甚广的传说之真伪，但有人却对与蒋介石半生渊源最密切的两个地方总结为“生不离川，死不离湾”。随着国民政府移师重庆，川渝之重要性更为凸显，在蒋介石的若干个兼职中，其中就有四川省政府主席一职。虽然蒋介石一生任职无数，但亲自兼任地方省政府主席，恐怕并不多见。要论起头衔，蒋既做过国民党总裁，也担任过中华民国总统，但他最看重的却是“国民政府军事委员会委员长”的职位，即被称为“蒋委员长”。
抗御外侮，整理军事
军事委员会是国民政府的最高军事领导机关，最初成立于1925年在广州国民政府建立后。1925年7月5日，国民政府公布了第一个《军事委员会组织法》，确定了“以党建军”、“以党治军”的原则，规定军委会“受中国国民党之指导与监督，管理统帅国民政府所辖境内陆海军、航空队及一切关于军事各机关”。但抗战前的军委会多采委员集体领导制。1928年6月15日，南京政府宣布“统一告成”，“二次北伐”完成，依国民政府建国大纲，中央建制转入“训政时期”，军委会被裁撤，其一切事宜分别移交军政部、参谋本部、军事参议院、训练总监部办理。
1931年“九一八”事变爆发后，为实现全国军令的统一，恢复军事委员会又被提上日程。不久，“一·二八”战事波及南京，国民政府西迁洛阳，1932年2月6日，军事委员会在洛阳重新成立。3月5日，国民党四届二中全会通过了《国民政府军事委员会组织大纲》。《大纲》明确了设立军委会的目的在于“抗御外侮，整理军事，候抗日军事终了，即撤销之”。并规定军委会直隶于国民政府，为全国最高军事机关，蒋介石为军委会委员长兼总参谋长。此后，蒋介石便以“蒋委员长”的名义指挥全国军队，并在重要地点如南昌、武汉、重庆、北平、西安、成都、广州等地设置委员长行营(辕)进行指挥。
军事委员会组织大纲虽明确规定：本会设立的目的在于“抗御外侮，整理军事”，实际上至抗战前夕，军委会的精力主要用于“围剿”红军和消除异己。直到1935年下半年，蒋介石才把主要精力集中到“攘外”上，着手“整理军事”，作抵抗“外侮”的准备。由于对蒋介石“攘外必先安内”政策的认识不尽一致，各地方实力派或消极对待，或坚决反对，福建和两广更以“事变”的形式一度与蒋形成军事对抗，从而使军委会的统帅地位大打折扣。
机构庞大，指挥欠灵活
1937年全面抗战爆发后，为“适应非常时期所需”，国家权力需要高度集中。正是利用这个特殊的环境，蒋介石将党政军三权集于一身，进一步强化了个人独裁及其权威。国民政府军事委员会在抗战时期就发展成为国民政府中地位最高、权势最重的部门。它名义上直属于国民政府，实际上权力比国民政府要大得多。
八一三事变的前一天，1937年8月12日，国民政府国防最高会议和党政联席会议决定，以军事委员会为抗战最高统帅部，并授权军事委员会对党政军实行统一指挥。8月27日，国民党中央常务委员会授权军事委员会委员长蒋介石组织大本营，以蒋介石为陆海空军大元帅。后因“蒋公不许可，谓未经宣战不必另设名目”，大本营之议取消，改由国民政府军事委员会委员长行使陆海空军最高统帅权，并授权委员长对于党政的统一指挥权。
从8月起，蒋介石着手改组军事委员会。将原军委会扩大为第一部（作战），第二部（政略），第三部（国防工业），第四部（国防经济），第五部（国际宣传），第六部（民众组训），后方勤务部，卫生勤务部，国家动员设计委员会等机构。10月，又增设军法执行总监及农产、工矿、贸易三个调整委员会，并于此三个调整委员会之下设水陆运输办事处。这样，军事委员会就不仅是一个军事机关，而且管辖到政治、经济、司法各方面。11月，军委会机构进行调整，将中央党部的组织、宣传、训练三部暂归军委会指挥。军委会第二部取消，其职权和总动员有关的事项则归入国家总动员设计委员会办理。第五部取消，其职权归中央宣传部。第六部与中央组织部、中央训练部合并。于是，中央党部的工作系统也纳入了军事委员会，达到党政军一元化的目的。
然而，由于机构庞大，指挥欠灵活， 1938年1 月，军委会再次进行调整，将军事与政治、党务各回复其原有系统。同年1 月17日修正公布军事委员会为战时最高统帅组织系统，军委会直隶国民政府，设委员长（蒋介石）一人，由正副参谋总长（正：何应钦、副：白崇禧）、军令部（徐永昌）、军政部（何应钦兼）、军训部（白崇禧兼）、政治部（陈诚）等部长及军事参议院院长为当然委员，委员中还包括冯玉祥、阎锡山、李宗仁、陈绍宽、程潜、李济深。根据《大纲》规定，委员长“统帅全国陆海空军，并指挥全民负国防之责”，“各委员襄赞委员长筹划国防用兵大计”；“参谋总长为委员长的幕僚长，指导本会各部、会、厅，襄助委员长处理一切事务。”
与抗战前相比，调整后的军事委员会发生了明显的变化。首先，军事委员会委员长的职权加重了。抗战开始后，军事委员会取消了常委，只设委员长1人，由陆海空军大元帅蒋介石兼任，负国防全责。军事委员会委员赞襄委员长筹议国防军事事项，而非此前的共同议事关系。其次，军事委员会的地位提高了。战前军事委员会虽享有与五院平等的地位，但其职能与机构是很有限度的，只有为执行其正常军事职责参议所需的机构。而参谋本部、训练总监部和军事参议院等虽受它监督，却是单独组织，不受其直接辖制，军政部则为行政院的一个部门。但抗日战争爆发后，军事委员会之下组织了几大行政部门，包括有军令部、政训部、政治部，其机构较之国民政府其他直属机关都庞大。此后虽经过调整，但军事委员会仍掌握一部分行政权力。这样，国家权力逐步向军事委员会集中，也就是蒋介石个人权力的日益集中。
改组后的军委会成为真正的全国最高军事指挥机关和最高统帅部。同时，与战区—集团军—第一线军、师的指挥系统相呼应，作为军委会委员的冯玉祥、阎锡山、李宗仁、程潜均兼任各战区司令长官，从而使军令得以及时传达和贯彻，有利于集中统一指挥。经过改组，就指挥体系而言，军委会实现了由平时到战时领导体制的转变，基本上适应了战争的需要。比如在徐州会战前，为树立战时军纪，保证战区间中央命令得以彻底贯彻，蒋介石特在开封召集军事会议，出席者皆为第一、五两战区军长以上之人员，会议期间将违令撤退的韩复榘拿办。台儿庄大捷之后，白崇禧将之归为“全赖最高统帅之贤明领导，将能战之兵迅速调至战场与敌消耗，以及李长官之能用兵与各军将士之能听命”。这种战时权力的集中无论是对统筹全局，还是保证对军队的控制上都是必要的，不过这也非常考验最高指挥官的指挥艺术。
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