李宗仁就认为，抗战时期军事指挥系统的最大缺点，即为蒋介石的越级亲自指挥。“抗战时他常直接指挥最前线的师长，内战时期甚至直接指挥至团长。”指挥的方法为直接打电话或拍电报，故往往中央主管军令和作战的部门以及战区司令长官、集团军总司令、军长均一无所知，事后方由侍从室主任通知军令部。这使得中央作战部门和前线高级指挥官严重脱节，小则引起误会，大则误事。例如1937年在晋北进行的忻口会战前夕，归第二战区司令长官阎锡山管辖、驻扎于万寿山的部队在作调防时，由阎锡山“转下之命令早发迟到”，而第一战区司令长官蒋介石“径下之命令迟发早到”，使得该部队不知所措，几乎错移位置。在第三次长沙会战中，作战正紧张时，蒋介石一个电话将军队调乱，薛岳一时无法补救，被打得大败，失了长沙。薛岳在一气之下竟擅自将部队撤至江西，气愤地说：“跑远一点，他（指蒋）电话便打不通了！”
值得一提的是，南京失陷后，重庆被国民政府宣布为战时首都，但1937年12月5日，蒋介石把抗战最高统帅部——国民政府军事委员会设在武昌，他本人坐镇武汉，指挥武汉大会战。1938年10月武汉失守后，国民政府在武汉的机构和国民党总裁、军事委员会委员长蒋介石才移驻重庆。
抗战胜利后的国民党政府，在军事上决定仿效美国，撤销军事委员会另成立国防部。1946年5月30日，国防最高委员会议决，裁撤军委会及所属一切机构。6月1日，国民政府国防部在南京正式成立。作为战时领导体制的军委会即被废除。南京国民政府以军委会作为全国最高军事统帅部的时代从此结束。
侍从室：总裁的“军机处”
抗战时期，蒋介石一度集国防最高委员会委员长、军事委员会委员长、国民党总裁、国民政府主席、行政院院长等要职于一身。但是，他的日常办公机构不是上述机关的办公厅或秘书处，而是有总裁“军机处”之称的国民政府军事委员会委员长侍从室。因为委员长一直由蒋介石担任，这一机构也就被称为蒋介石侍从室。随着蒋介石权力范围的扩张，侍从室的建制与职能也在不断扩大，升格为与军事委员会办公厅平行并列的机构，并渐次凌驾于办公厅之上。侍从室的核心第一处第二组和第二处第四组包揽了中央和地方党政军一切机要事务。前者的业务包括军事行政、作战指挥、军需后勤等有关军事的一切领域。后者“主管政治、党务、秘书业务”、管辖范围“包括行政院所属各部会署，国防最高委员会和国民党中央执行委员会??以及中统局特务组织等”，并负责处理各省市地方政府“向蒋请示汇报的文电”。侍从室各处主任均是蒋介石的嫡系，此时侍从室之权重，让雍正时期的军机大臣都会汗颜。
蒋介石经常以手令指挥党政军一切事务，手令的内容全面涉及党务、政务、军事、外交、经济、财政、教育、文化、社会等国家管理的一应事务。1938年底，蒋介石相对稳定地驻在重庆，对驻地的中央党政军机关可以便捷地使用手令。蒋介石每天都要收到大量呈请、报告及建议事项的文电，多半直接以手令作出指示；他本人主动作出的一些决策、部署，或有所感触，也主要以手令的形式传达下去。但这些手令未必全部出自蒋介石的亲笔，有时是由蒋口述，侍从秘书记录整理，经侍从室第二处主任陈布雷作文字修饰后，再以“中正手启”的名义用电报或代电发出。
侍从室主任一职，究其地位够不上部长级，但其实际职权则远非任何部长所能比拟。据曾做过蒋介石电话监听员的王正元回忆，有一次，第九战区有一个集团军的建制和给养问题解决不了，多次向上请示军委会都久拖未决。后来，战区司令长官薛岳直接打电话给侍从室主任林蔚，带着央求的语气说：“蔚文兄，我的电报你都看到了吧？如果延搁下去会影响其他工作的，无论如何，要请蔚文兄想法帮忙，向委员长说一下。”几天后，薛又打电话催询，林回答：“昨天已经批转下去，并转令有关部门照办了。”薛听后忙不迭感谢林蔚。王正元说，就连骄横跋扈的汤恩伯和拥重兵数十万的“西北王”胡宗南，也对侍从室主任阿谀奉承备至。
侍从室的触角伸得很长，许多事情都要介入，甚至对司法也不例外。1942年，在重庆出了一件大案，中央信托局运输处经理林世良，勾结大成商行的章德武，大搞走私活动。一次从仰光到昆明一下子走私商品3000多万元，林世良从中渔利1000多万元。这时抗战正处于最困难时期，而林世良之流竟大发“国难财”，舆论哗然。但林世良的后台正是“国舅”孔祥熙，法院不敢做主，将案件呈报到了侍从室。侍从室里的“智囊”们讨论后认为，孔“国舅”的面子固然要考虑，但领袖在国人心目中的形象更为重要。权衡结果，陈布雷、于达、唐纵等人在呈批件上拟了个“判处死刑”的意见。蒋介石踌躇再三，最后还是同意了侍从室的签呈，下令将林世良枪决。
令人谈虎色变的“军统”
作为蒋介石独裁专制的另一工具，简称“军统”的军事委员会调查统计局更是尽人皆知。“军统”的前身和班底是1932年春成立的三民主义力行社特务处。1932年9月，戴笠奉派为军事委员会调查统计局第二处处长，将特务处挂靠在这一政府正式机构，以取得编制和经费，但不受这时期的军统局领导。抗战爆发后，蒋介石将军事委员会调查统计局第二处扩编为军事委员会调查统计局，简称“军统”。局长由蒋介石指定侍从室第一处主任贺耀祖担任，而负实际责任的则是副局长戴笠。改组后的军统局人员由战前的三四千人发展到七千多人，其成员大多是经过专门训练的。从1938年开始，“军统”先后在临澧、黔阳、贵州、兰州、重庆、汉中等地开办各种训练班。淞沪抗战爆发，戴笠于1938年5月成立“忠义救国军”，人数又达万人。1942年后“军统”人员竟达四五万人之多。
“军统”主要负责军队、政府、警察等部门以及对外的情报安全工作，但是由于军统局成立后不久国民政府西迁重庆，形势严峻，军统局也担负了一些诸如对行政机关、交通、金融等要害部门的监控，并因此引起了与另一特务组织“中统”（国民党中央执行委员会调查统计局，隶属于国民党中央组织部）的权限冲突。据统计，自1937年7月至1945年8月，军统局共收集对日军事情报达百万余件。根据这些情报，在诸多战事（如武汉会战、长沙会战）开始前，戴笠及军统局对日军动向均作出过相当精准的预估。“军统”电讯部门曾在1941年太平洋战争爆发前，成功地破译到日本空军准备在太平洋地区有重大举动的情报，经由驻美大使馆武官郭德权告知美国防部官员，但美方根本不予置信。珍珠港事件发生后，美国防部才意识到这一情报来源的重要性，便派员来华，寻求与“军统”合作。双方于1943年成立中美合作所，其宗旨为“在中国沿海与中国沦陷地区，及其他日敌占领区，打击中美共同敌人”。“军统”借此得到美国提供大量的武器弹药、交通工具及医疗设备，前后开办十多个中美合作训练班，由美国教官培训“忠义救国军”、别动军武装，还帮助“军统”培训特警及美式高等特工。在锄奸方面，先后刺杀了为日伪效力的上海帮会头子张啸林、伪上海市长傅筱庵、伪杭州市长谭书奎等。军统还策划在越南刺杀叛逃的汪精卫，其结果以错杀曾仲鸣而收场。
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