1912年11月，随着俄-蒙签署保证蒙古自治权的协议，这种担心达到顶峰。根据七月份的秘密但却广为流传的《日俄密约》（Russo-Japanese Entente），日俄两国确立了各自在东北和蒙古的势力范围。 在俄蒙协议中，俄国承认了蒙古的“自治”，承诺帮助蒙古防止中国军队或移民进入蒙古地区；作为回报，俄国在这一地区得到大量的商业利益。对此，中国给予了迅速且愤怒的反应。全国军政人士立即在报纸上发表强硬的议论，呼吁民国政府采取军事行动。在国会选举中很快要获胜的国民党中的民族主义者们尤为直言不讳，给袁世凯总统施加了很大的压力。

在公共舆论对俄蒙协议的哗然中，尤为值得注意的是，任何有关蒙古人的意愿甚至对蒙古在新共和国中地位的讨论都完全消失了。当时的问题完全是俄国对中国事务的干涉。正如一篇文章所说，“这不是内部事务，而是对外”，中国面临着帝国主义分裂国家的威胁。为了保卫新的共和国，使国家免受分裂，人们纷纷展开反帝的宣传动员，这就压制了“谁应成为国家一部分”的讨论。由于蒙古与俄国行动一致，蒙古人遂被认为无权独立代表自己的国家，于是这也不再是中国内部边疆问题的辩论主题。至此，讨论全集中到对俄国的抵制。

但是俄蒙协议使问题进一步复杂化。虽然该协议支持蒙古自治，但协议本身并没有具体说明自治后蒙古的边界。这并非纯属偶然，因为包括内蒙古的激进主义分子在内的乌兰巴托的蒙古人坚持建立一个大蒙古国。这个大蒙古国的国土即是清朝统治下的蒙古人居住地。不过，俄国人的兴趣主要在外蒙古，而且他们已经承认日本享有与东北接壤的内蒙古地区的特权。日俄的妥协导致边界未定，很快大蒙古民族主义者就开始支持对居住在内蒙古的汉人发动袭击。在多数受到冲击的地区，汉族人口都占绝大多数，一些地区甚至占到95%。因此，这些蒙古人的袭击被看成是对中国领土的叛乱性攻击。因为蒙古人被视作俄国人的走卒，所以，发生在边疆地区的侵扰只会加剧中国人担心失去蒙古会危及中国北方的担心。

同样，在西藏边疆也存在同样的问题。在现代的中国西藏问题中，一直存在的困难之一是划定西藏边界。尤其是中国人拒绝拉萨当局（今天达兰萨拉的西藏流亡政府）所声称的要建立起一个包括四川东部康区和青海藏人地区在内的“大藏区”。1912年西藏宣布独立后不久，拉萨当局就派军队去进攻处在争议地区的中国哨所。1914年，中国政府、藏人和英国人试图通过谈判决定西藏的新地位，在谈判中，中国政府愿意给予达赖喇嘛在外藏（或中藏，依人观点而定）的完全自治权，但协定最终并未决定西藏的地域范围。

1908年的袁世凯

在内地和外围民族之间的交界地带，尤其是东北、内蒙古和新疆，由于清代汉族人口翻了三番而导致的人口爆炸，驱使汉族人如潮水般不可阻挡地向这些交界地带移民。结果是各族犬牙交错，与其他任何前帝国的民族交界地的情形别无二致。欧洲帝国（以及后来的后社会主义国家）的崩溃过程已经证明，在这些地方给新的国家划界最为困难。从国家中心的角度看，避免冲突（无论是国内冲突还是国际冲突）的最好方式是按照帝国的边界来划界。清朝的有利条件是，其边界线已经通过条约确定，尤其是与俄国确定了北方的边界线。因此，这些边界线显然比边疆内部各族群间的交界线更为清晰。当清末的教育改革将地理引入课程中时，这些边界线被编入教科书中予以公布。结果是，日趋兴起的中国公民也许不知道“中国人”之所指（或是蒙古人和西藏人因何也是中国人），但确实知道蒙古和西藏是中国的领土。

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