到19世纪末，帝国主义的威胁成为了中心-边疆关系中的最为复杂的因素。对清朝在东亚霸权的挑战自然始于边疆地区，这一过程与地中海地区的奥斯曼帝国所经历的过程是相似的。在清朝世界秩序的外围是清朝的朝贡国：这些视满洲皇帝为天子的国家定期朝贡，以换取皇帝对其统治者权力的认可。而这些国家最先脱离或是落入其他大国的控制，例如越南被纳入法属印度支那，琉球群岛和朝鲜为日本帝国控制，最终并入日本。随后，内缘又受到威胁。1895年，近海的台湾岛落入日本之手。在1904-1905年的日俄战争后，两个大国签署协议，承认俄国在蒙古和东北的北部（中东铁路在那里与跨西伯利亚铁路相连通往符拉迪沃斯托克）的主要利益，而日本则宣称东北的南部和相邻的内蒙古部分是其势力范围。由于担心俄国在北面控制中亚，英国因而寻求在西藏获得更大影响以保护英国在印度的地位。1903-1904年，荣赫鹏的远征军被派往拉萨，对清朝在那里的主权形成了严重的军事挑战。

清朝的反应可想而知：它试图加强中央政府对外围的控制权。但这种行为从根本上对内地通过省、县行政机构进行直接统治和边疆通过民族精英实行间接统治二者之间已经确定起来的差异形成了挑战。如上所述，新疆在1884年建省。为了遏制俄国和日本在东北的阴谋，1907年，清朝又设立了新的东三省总督府，并任命了东三省巡抚；汉族官员在这里竭力推行了积极的经济、政治和军事现代化计划。 因此，清朝的故土不再是一个特殊地域，而是被整合进了内地的行政体制中。也有人建议清朝在蒙古和西藏建省，但是清朝并不准备在这些地方过快地做出类似变动。不过，清廷确实在汉族农民人口众多的内蒙古一些地方建立起了一些新的县。此时，清朝禁止汉人向这些边疆地区进行移民的命令已经完全失败。和以前试图阻止汉人移民边疆完全相反，此时的清廷则积极鼓励汉人移民。清廷对蒙古的土地和资源进行了调查，并建立政府机构来促进移民。同时，清廷还废除了禁止汉人和蒙古人通婚的法律。虽然多数汉族移民去了东北和内蒙古，但是，在清末的外蒙古也有大量的汉族农业移民。这些新来者并不怎么尊重当地的居民。用一位到外蒙古的英国游客的话来说：“汉人的优越感是非常明显的，好像他们希望让所有的人都知道，他们才是主导民族。俄国人和蒙古人几乎亲如兄弟，但是中国游人对待俄国人几乎和对待可怜的蒙古人一样缺乏善意。”

在清朝统治的最后几年，清朝政府将其新政改革也推向了边疆地区。最引人关注的努力发生在外蒙古的乌兰巴托。满洲官员在那里建立了一个新兵训练机构，作为边疆地区蒙古军队的基础。清朝还在这里建立起了警察培训、公共卫生、商贸、农业、经济发展和对外关系的机构。另外，和清朝改良的现代化进程相同，还建立起了一所教育新的蒙古族精英的学校。但是，由于费用高昂，遭致了当地人的不满。此外，乌兰巴托保守的宗教机构也并不完全欢迎这些外来的干扰。藏传佛教僧人和汉族商人及政府机构之间的冲突成为紧张局势的重要源头。

在蒙古也出现了类似的情况，因为新政改革的侵扰，致使蒙古人甚至在辛亥革命之前就想独立。如同西藏，这一次宗教领袖起了重要的作用，同时也寻求外部力量来帮助蒙古实现自治的愿望。当时，内外蒙古不同群体的领袖聚集在蒙古人的宗教领袖“活佛”哲布尊丹巴呼图克图那里，并于1911年7月派代表团到圣彼得堡寻求俄国的支持。他们在向沙皇提出的请愿书中强调了藏传佛教对蒙古人的重要性，提出他们“以前遵从于满洲大汗，因为他们（满洲人）敬仰佛教并传播佛的庇佑”。“但近年来，中国（原文如此）的高层官员已经非常强大，并开始干涉我们的事务。最糟糕的是他们打着‘新政’的旗号，占领土地用以开垦，破坏了我们的旧俗。”蒙古人的抱怨主要是针对“新政”改革和不断增加的汉族移民，而感觉到其宗教遭到威胁则是一个重要的推动因素。因此，他们呼吁俄国人给予支持：“正如我们所知，在国际先例中，任何弱小国家都可以依赖强大的国家实现独立。”

如前所述，辛亥革命爆发之前，西藏和蒙古都已经准备宣称独立。其他边疆地区的情况则有所不同。东北三省那时大多由汉人占据。在新疆，由于18世纪以来清帝一直鼓励贸易和汉人移民以发展边疆经济，所以“汉化”的过程一直都未中断。也许更重要的是，这些地区也是完全融入中国行省和地方行政机构的地区。但在西藏和蒙古，世袭贵族和经济实力丰厚并拥有广泛支持的寺院，以及其中具有强大势力的黄教机构为那些想要建立新国家的人们提供了相对的有利条件。

在西藏，辛亥革命起初引发了部分清军反抗清朝驻藏大臣的兵变，随后，西藏人成功地将中国军队驱逐出去，而这些中国军队也并不情愿待在这个遥远且环境恶劣的边防哨所。流亡归来的达赖喇嘛宣布以前那种维系和满洲皇帝的供施关系终结，西藏从此将独立。尽管在整个民国期间，西康地区的汉人和藏人不断发生小规模的冲突，但是中部藏区事实上建立了独立的政体，并一直持续到1950年。在蒙古，当武昌起义的消息传到乌兰巴托之后，独立运动领袖宣布博格达·哲布尊丹巴呼图克图为蒙古国大汗。他们的立场非常明确：蒙古从属于清朝，如今是中国人起来反抗清朝，蒙古应恢复其独立地位。正如一群贵族所言：“最初蒙古并非中国一部分，但是因为一开始追随了清王室，故极感王室之恩。而蒙古与中国之间完全没有联系。如今清廷遭到摧毁，蒙古与中国并没有天然的联系，所以蒙古应该独立。”另一部分人的说法更接近现代国家的自决：“我们蒙古人拥有同中国人不同的习俗、语言和文学作品。我们蒙古和中国的文化差距就像天、地的距离那样大。” 当中国革命军反满暴力行动的消息传到蒙古时，蒙古领袖更加确定在汉人控制的中华民国中并没有蒙古的位置。此时蒙古的新议会发誓要“保护我们的种族，保护我们的宗教，还要保护我们的领土完整”。

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