蒋介石的设想，甚至受到伊宁政权中务实派的激赏，并基本上体现在由张治中与阿合买提江等人签订的《中央政府代表与新疆暴动区域人民代表之间以和平方式解决武装冲突之条款》（简称《和平条款》）之上。依《和平条款》暨“附文”（一）之规定，新疆成立联合省政府。省府主席由张治中兼任，两名副主席包尔汗和阿合买提江都是突厥语穆斯林；在由国民党与伊宁政权共组的新疆联合省政府的正式组成结构中，各厅局长和省府高阶职位，都指派了新疆不同族群、不同政治背景的人士担任；在省府、地方各级行政机构中，半数左右的职位都延用各非汉人士。在南疆聘用公务人员时，张治中甚至实行汉人与非汉人分别占30%和70%的比例；中央行政、立法机构中也为新疆非汉民族人士保留了相当比例的职缺。忠实贯彻蒋介石意旨的张治中，明确体认到新疆族群议题的重要，他写道：“汉人仅占新疆人口的5%，为什么不能把政治权力移交给占人口95%的维吾尔人和其它民族呢？”

《和平条款》的内容，显示蒋介石对“中华民族宗族论”做了权宜的修正，将促进边疆非汉人权益，当作处理迫在眉睫的族群冲突与国家分裂危机的新处方。而国民政府开始采用某些混合了西方和苏联因素的民族平等和民主政治手法，在一定程度上改变了中国传统的治边政策。国民政府有意扩大土著民族的政治参与和政治权利，形成具实践意义的“三民主义治边政策”的新形态。

《和平条款》规定，“政府给予新疆人民选举彼等相信之当地人士为行政官吏之选举权”；保障宗教信仰自由；国家行政与司法机关文书，汉文与维吾尔文并用，人民呈送政府机关文书，可单独使用其本族文字；中小学得使用本族语文施教；政府保障民族文化和艺术的自由发展；人民享有出版、集会、结社与言论自由。《和平条款》之“附文”（二）甚至规定，准许新疆土著民族组织民族军队；而民族军队员额之补充，亦悉数来自本地民族。

国民政府在《和平条款》暨两件附文中作出重大政治让步，所要换取的只是伊宁当局承认自己是“中国人”的口头宣示。

面对与伊宁政权的政治竞争，国民政府相当忠实地履行了《和平条款》所约定的内容。在民主施政上，由张治中与新疆省府秘书长刘孟纯、民政厅长王曾善、迪化市长屈武、外交特派员刘泽荣共同拟定的《新疆省政府施政纲领》，成为与伊宁政权进行政治竞争的武器。1946年7月18日，新疆联合省政府第二次委员会议通过“施政纲领”共85条，其主旨是在国家统一、民主政治、民族团结的基础上，建设三民主义的新新疆。亲苏的伊宁政权迅即体认到蒋介石、张治中政策中包含的西方政治的影子，转而公开批判张氏的“施政纲领”。

在“施政纲领”之下，新疆第一次体验了带有西方色彩的地方自治。1946年9月间，省联合政府完成全省范围内的选举委员会组织章程，成立由省方、伊方与公正人士组成的赴各专员公署的监选小组，为表示公正，各专署专员与副专员均不入选本专署监选小组。伊宁方面所控制的伊宁、塔城、阿山（今阿尔泰）三区，则拒绝奉行选举办法，也拒绝监选小组监选。10月间，省联合政府派往阿山的第6监选小组途经额敏时，时任迪化专署副专员的哈萨克族人士涂禹则（Turkstan Nur Bai）与克斌全（Kamal Beg）等人，被亲伊方的民众殴毙。同期，其他专署在选举问题上也发生了由伊方策动、规模不等的暴力事件。同年10月至12月间，全省各县县长及省参议员选举工作完成，当选结果出炉，亲伊方人士在伊犁、塔城、阿山、喀什等地区取得多数县长与省参议员席位；在莎车、和阗、阿克苏等区，则以亲国民政府当选比例居多；若仅以县长计，则除汉人人口比例较高的绥来、阜康、镇西和哈密、阿克苏、焉耆、和阗等共7个县外，其余各县均由伊宁方面支持的人选当选。

伊宁方面透过“施政纲领”之下，省政府的人事任命和县长、省参议员全面选举，将势力范围扩展到南疆，但选举结果揭晓后，伊方对于未能全面掌控阿克苏、和阗、莎车的结局并不满意。

1946年11月，新疆省派出包括伊宁方面的阿合买提江和阿巴索夫等7人在内的18名国大代表，赴南京出席国民大会。大会举行期间，阿合买提江等人提出《请在中华民国内将新疆改为“东突厥斯坦共和国”并给予高度自治案》。张治中担忧，若此案在讨论时径遭否决，必然引发伊宁方面的激烈反弹，因而特别致电南京，阐述蒋介石对新疆问题的认知和处理新疆民族问题的原则，建议他们对伊宁的代表尽量疏导劝解。

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