在中亚，伊斯兰教于10世纪通过和平的方式传到喀什。由于佛教在中亚已有千年的历史，是当地民众的主要宗教信仰，因此在很长一段时期中，伊斯兰教势力没有出过喀什一带。伊斯兰教于10世纪中叶首先由中亚传入喀什噶尔，建立了以喀什噶尔为中心的喀喇汗王朝。之后积极由西向东发展。喀拉汗国贵族出身的11世纪的著名语言学家马赫木德·喀什噶里编了一部《突厥语大词典》，其中收录了许多突厥民歌。有一首《战歌》描写了伊斯兰教东扩的汹涌波涛之势：“我们势猛如山洪，攻陷他们的座座城，佛堂庙宇全毁掉”。中亚史专家巴尔托里德（V.V. Barthold）指出：“当时伊斯兰教往东传播比较困难，那里有文化的回鹘人像一堵墙似地挡住了该教的传播”。喀喇汗王朝向信奉佛教的于阗国发动了历时数十年的圣战，于1006年击灭于阗的李氏王朝，千年佛教古国于阗最后灭亡。到12世纪初，伊斯兰教已在塔里木盆地西部和南部绿洲居民区传播开来，达到阿克苏至且末、若羌一线。喀什噶尔派兵攻打和田，打了四十年，消灭了这个千年佛教王国，转向下一个目标吐鲁番。喀喇汗王朝和高昌回鹘虽然出自于同一族源并且操基本相同的突厥语，但由于宗教信仰不同，彼此长期对峙，经常处于交战状态。《突厥语辞典》中也多处描述了喀喇汗王朝与高昌回鹘之间的战争。他将高昌回鹘人称为“塔特”，意思是不信仰伊斯兰教的回鹘人。喀喇汗王朝军队曾多次攻人回鹘地区，试图以武力强迫居民放弃佛教信仰，但遭到回鹘人的有力抗击。回鹘人不仅成功地保持了自己的宗教信仰和文化传统，而且还几次攻入喀喇汗王朝的辖地，使喀喇汗王朝统治者感到畏惧。
14世纪中叶，蒙古察合台后王秃黑鲁·帖木儿汗在伊斯兰教苏非派阿訇贾拉里丁和其子额什丁和卓的劝喻下，率领属下16万蒙古人皈依伊斯兰教。这是一场重大的历史事件，揭开了新疆境内伊斯兰教大规模传播的序幕。额什丁和卓在帖木儿汗的支持下，率领传教队伍进入库车展开宣教活动。他们以可汗的名义号召居民皈依伊斯兰教，对于自愿加入者，给予布施、撒乃孜尔等奖励，并承诺减免赋税，保护人身财产安全等；不愿放弃佛教信仰的僧侣则遭到迫害，或被杀或被流放。这里寺庙被捣毁，经书被焚烧，有些佛教徒逃往吐鲁番等地避难。在这种形势下，库车居民不久就改信了伊斯兰教。库车这道屏障一旦失去，高昌的佛教王国也势必难保。帖木儿汗死后，其子黑的儿火者汗继位，也大力推行伊斯兰教。畏兀儿（维吾尔人的祖先）史学家米儿咱·马黑麻·海答儿记述说：“黑的儿火者汗在位时，曾举行过圣战进攻契丹（指中国）。他亲自攻占了契丹的两个边陲镇哈剌和卓和土鲁番，迫使当地居民皈依伊斯兰教，因此这两个地方现在被称为‘达尔·阿勒·伊斯兰’”。吐鲁番成为伊斯兰地区后，佛教遭到沉重打击。佛教僧侣被杀被迫害，一般信徒被迫改宗伊斯兰教，佛教建筑、文物、典籍也遭到大破坏。回鹘人的佛教信仰一直沿续到18世纪。传说当时哈密王很生气，说全世界都已经归顺安拉了，怎么这些人还在拜佛？于是下令派毛拉（伊斯兰教教士）上山盖清真寺，让他们皈依伊斯兰教。
吐鲁番地区被伊斯兰教势力统治后，佛教并没有很快消失。在几十年的时间内，佛教还和伊斯兰教并存。1420年中亚撒马尔罕王沙哈鲁派往明朝的庆贺大使路经吐鲁番时，还看到该城居民大部分仍是佛教徒。但是到了l6世纪，伊斯兰教已成为吐鲁番居民普遍信仰的宗教，佛教则在这一地区逐渐消失。
伊斯兰教在中亚的扩张，到了明代变得更加咄咄逼人。差不多就在明太祖建立明朝的同时，中亚兴起了一个极具侵略性的游牧人帝国——帖木儿帝国。这个帝国的创始人是帖木儿（Timur，1335-1405年），历史上也称“跛子帖木儿”（Tamerlane）。他自称是成吉思汗的嫡派后裔，并以成吉思汗的继承人自居。帖木儿的势力兴起于中亚的河中地区，迅速成为中亚最强大的军事力量。这个人以残暴著称，对一切敢于抗拒的敌国进行大屠杀，并用被杀者的头颅建立人头金字塔，以警告他人不得反抗。他一生都在征战：三征花剌子模，六次或者七次征伊犁，两征东波斯，三征西波斯，打败了奥斯曼帝国、东欧的金帐汗国、中亚的东察合台汗国和印度德里苏丹国等伊斯兰强国，并对俄罗斯发动了两次战争。中亚、中东、印度的重要城市报达（今巴格达）、布鲁萨、萨莱、焉耆和德里等著名城市都遭到过他的洗劫。通过三十多年的征战，他建立了从德里到大马士革，从咸海到波斯湾的帖木儿帝国，定都于撒马尔罕。他到了晚年打算要征服中国。此时明太祖建立了明朝，于1385年派使者傅安、刘伟等到中亚，要求原察合台汗国对新朝效忠。使者到达哈密、哈剌火州（吐鲁番）和亦里八力后，当地的察合台家族可汗们表示效忠。但是使者来到撒马尔罕后，被帖木儿王朝逮捕，经过长时期的谈判后才获释。尔后，帖木儿于1387、1392、1394年（洪武二十、二十五、二十七年）三次派使者携带礼物到明朝，呈上了措辞谦卑的称臣书信，以刺探明朝的虚实和麻痹明朝。1395年，朱元璋派傅安携带一封向帖木儿表达感谢的信到撒马尔罕。但在此时帖木儿已经宣布他要征服中国以迫使中国人皈依伊斯兰教，并且开始在位于今哈萨克斯坦南部的讹答剌（Otrar）城聚集大军。傅安尚未返回，明成祖已即位。成祖得到帖木儿准备入侵的消息，立即命令甘肃总兵宋晟进行戒备。永乐二年（1404年），帖木儿兴兵二十万远征中国，途中突然于1405年1月19日在讹答剌城病逝，终年71岁病死。在他壮丽的蓝色园顶的陵墓内绿玉色的棺材上，写着他的豪言：“只要我仍然活在人间，全人类都会发抖！”柏杨在《中国人史纲》中对此事进行评论说：“仅只比明王朝晚一年，在中亚兴起的帖木儿汗国，正决心恢复蒙古帝国东方的故有版图。1404年，靖难之后结束第二年，帖木儿大汗从他的首都撒马尔罕；出发东征，进攻中国。不料在中途逝世，军事行动中止。如果帖木儿不适时的死，根据已知的资料推断，以明王朝以那残破的力量，势将无力抵抗。一个新的异族统治可能再现”。柏杨仅只提到“新的异族统治”，然而与以前对各种宗教都持宽容态度的成吉思汗、忽必烈不同，明朝面对的是一位狂热的穆斯林征服者，力图用武力迫使中国人改宗伊斯兰教。
帖木儿
帖木儿死后，他的后裔展开了争权夺位的血战，他的帝国也因此四分五裂。最后他的四子沙哈鲁取得了胜利，但是其控制区只限于河中、阿富汗和伊朗东部，实力已非乃父时代情况。尽管如此，沙哈鲁在1412年在给明成祖的表文中，仍然以帖木儿诏令全国奉伊斯兰教为名，要求明朝也尊奉伊斯兰教：“我皇考帖木儿驸马受大统，君临国内，皆昭令全国谨守谟罕默德教律。……望贵国亦崇奉谟罕默德先知教律，籍增圣教之力量，以沟通‘暂今世界之帝国’与‘未来世界之帝国’”。诚如邵循正先生所指出的那样：“沙哈鲁自命为回教之保护者，欲以宗教与中国抗衡，不容其干涉内政，用意固甚深也”。亚洲历史研究泰斗格鲁塞（René Grousset）说：帖木儿帝国之后，中亚突厥化的蒙古人建立的察合台汗国统治者，依然试图把帖木儿王朝的穆斯林突厥－伊朗文化带到明朝中国边境地区。《明史》和《拉失德史》都记载了满速儿汗对中国的战争。《拉失德史》指出，这次冲突是一次反异教的圣战。1513年，哈密王公拜牙即臣服于满速儿汗。1517年满速儿汗驻在哈密，并由此向甘肃的敦煌、肃州和甘州方向攻击中国本土。与此同时，他的弟弟、喀什噶尔的统治者赛德汗把圣战引入了吐蕃人的拉达克地区。明初设立哈密卫等“关西七卫”，到了15世纪遭遇了来自吐鲁番的强烈冲击，最后被迫东撤入关，嘉峪关以西地区各族人民大多皈依了伊斯兰教。
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