宗教造成了当今世界最血腥的冲突，这种观点如今甚嚣尘上，而这也是现代政教分离论的重点。但从政教分离剪不断理还乱的历史看来，一切可没有这么简单。
当看到ISIS武装分子在中东土地上疯狂肆虐，势要毁灭叙利亚和伊拉克等经由殖民反抗建立起的现代民族国家时，我们简直难以置信这的确是21世纪。难民惊恐四逃的惨象，不分皂白的暴力残杀，一切的一切都让我们想起曾经横扫罗马帝国的野蛮部落，又或是成吉思汗麾下掠夺了中国、安纳托利亚、俄罗斯和东欧大片土地的蒙古铁骑。暴徒所过之处，隳名城，戮黔首。只有那些早已司空见惯的炸弹又袭中东城镇的照片——这一回是拜美国和一些阿拉伯盟友所赐——以及这将沦为又一个越南的悲观预测，才提醒着我们这的确是一场现代战争。
圣战者们打着古兰经的旗号，对不幸的受害者施以砍头暴行，这显然引发了又一个现代忧虑：宗教与暴力之间的关系。ISIS的残暴似乎证明山姆·哈里斯——“新无神论”最响亮的声音之一——所鼓吹的“大多数穆斯林完全已经被他们的宗教信仰搞得精神错乱了”，及其“宗教本身制造了一种扭曲的团结，而我们必须采取某种手段来削弱它”的结论是正确的。还有许多人会赞同理查德·道金斯的观点，他在《上帝的错觉》一书中写道：“只有宗教信仰的力量强大到足以激发出一种完全的癫狂，而不是使人清醒明智、彬彬有礼。”即便心知这样的论述过于偏激，他们也仍旧直觉地相信，宗教天生具有一种暴力本质，而这会不可避免地激化冲突——因为一旦这些战士坚信“上帝是站在我这边的”，妥协便绝无可能，而暴力将永不止戈。
尽管奥巴马和卡梅伦做了许多勇敢的尝试，试图让人们相信，ISIS的不法暴行与伊斯兰教无关，但仍有许多人不予认可。他们甚至感到愤怒。在西方世界，惨痛的历史教训让我们深知，宗教一直以来所释放的狂热偏执只能通过建立一个政教分离的自由国家来遏制，我们绝不容许这种褊狭的热情染指政治生活。(所以这些人想，)但是为什么，为什么穆斯林们认为凭此思路解决不了他们目前的问题?为什么他们如此冥顽不灵地固执于神权政治的谬见?一言以蔽之，为什么他们一直没能进入现代社会?答案当然正是其原始的、食古不化的宗教。
然而与之相反，也许我们应该问，何以西方世界会认为，宗教只是一种纯粹的个人追求，本质上区别于其他任何人类活动，尤其与政治不可混为一谈。毕竟，战争和暴力一直是政治生活的一个特征，但我们却仅仅认为，将教堂从国土中驱离，便会天下太平。政教分离论在我们看来是如此的自然而然，是任何社会现代性进程的必经之旅。然而，它实际上只是一个独一无二的创造，是一系列历史条件交织串联的独特结果;我们也许会错误地认为，它能以同样的方式在世界的每一个地方、每一种文化之下发展。
我们现在将世俗主义国家看得如此理所当然，这使我们很难体会到它的新颖性。其实在现代社会以前，我们的话语系统中没有“世俗”机构，也没有“世俗”国家。这些概念的创造要求一种对宗教的全新理解，这种发展是现代西方所独有的。没有任何其他文化能有半分雷同，在18世纪之前，它甚至不能被欧洲的天主教徒所理解。被我们译作“宗教”的这个词在其他语言里往往是指一些更加模糊的、宏大的、概括性的东西。阿拉伯语的“dīn”意指生命的整个过程，梵文佛法则涵盖法律、政治、社会制度以及虔诚，希伯来圣经并没有关于“宗教”的抽象概念;而犹太教拉比们发现用一个词语或套话来定义信仰是不可能的，因为犹太法典目的明确地欲将人的全部生活引向神圣的领域。《牛津古典辞书》坚称：“无论是希腊文还是拉丁文都无词对应英语的‘religion’ 和 ‘religious’。”事实上，唯一满足现代西方对于“宗教”的认识——作为纯粹个人追求——的传统是基督教新教，但这也是早期现代的一个产物。
传统的信仰并不督促人们逃避世俗，远离政坛。以色列先知就对那些一心沉浸在寺庙仪式中，却疏于观照世间窘困与压迫之人置以严词厉语。耶稣的著名格言“上帝的归上帝，凯撒的归凯撒”，也不是在为政教分离辩护。在一世纪的巴勒斯坦，犹太人反罗马起义几乎都是受“以色列的土地及其产品属于上帝，所以需要还归凯撒的不过零星小数”的信念鼓舞。耶稣推翻寺庙放贷者的桌子，并非为呼吁一个超凡脱俗的宗教。只因五百年来，寺庙沦为帝王统治的工具，这里更存放着进献罗马的贡品。因此，耶稣才说，这是一个“贼窝”。古兰经的基本观点认为，聚敛私人财产是错误的，但为创造一个公正、平等、美好的社会而分享个人财富则是值得提倡的。甘地也认同这些是非常重要的：“说宗教与政治无关的人不懂宗教。”
宗教暴力之谜
现代之前，宗教并不是一个完全割裂其他、封闭自我的活动;相反，它渗透到所有人类事业，包括经济、国家建设、政治和战争。在18世纪以前，人们绝不会说这世上有什么地方是只有“宗教”没有“政治”的。十字军东征无疑是基于宗教热情，但也具有深刻的政治意义：教皇乌尔班二世令基督教骑士向穆斯林世界操戈，是谋求教会权力东扩，建立一个控制基督教的欧洲的教皇君主制。西班牙国家分裂战争之后，为维护国内秩序，又有奥斯曼帝国虎视眈眈之虞，因此而设立了宗教裁判所，当然这是极端错误的措施。同样的，欧洲的宗教战争和三十年战争自然是被新教徒和天主教徒的宗派斗争所激化，但他们的暴力行为反映了现代民族国家诞生的阵痛。
正是16、17世纪欧洲的这些战争，帮助创造了所谓的“宗教暴力之谜”。据说，在宗教改革的神学激情下，新教徒和天主教徒激忿填膺，相互屠杀，最终导致35%的中欧人口在这些无谓的战斗中死亡。参与者无疑是视其所历之战为生死存亡的宗教斗争，但这其实也是两帮国家统治者之间的冲突：德国皇帝及其他欧洲国王与神圣罗马帝国皇帝查理五世之间的角力，而后者志在效仿奥斯曼帝国，树立起席卷欧洲的霸权统治。
如果宗教战争完全源于宗派偏见，那么我们就不应该指望新教徒和天主教徒能携手作战，但事实正相反，他们也常常同仇敌忾。因此，天主教的法国屡战天主教的哈布斯堡王朝时，就常常受到一些新教贵族的支持。在法国宗教战争(1562年至1598年)和三十年战争中，战斗人员频繁跨越教派的界线，以至于难以严格区分新教徒和天主教徒。这些战争既不是“只关于宗教”，也不是“纯粹的政治问题”，更不是单纯的国家“利用”宗教达到政治目的。没有一种一针见血的方法可以将宗教原因与社会原因割裂。人们为不同的社会构想而斗争，但他们不曾、也不能辨明斗争中的宗教或世俗的因素。直到18世纪，要区别这二者仍如同将琴酒从鸡尾酒中抽离一样困难。
三十年战争的结束，使欧洲人摆脱了受哈布斯堡帝国统治的威胁。此后欧洲被划分成各个小国，每一个都在自己的领土上宣示主权，每一个都由一支专业的军队支持和一个渴望绝对主宰的君主统治——这或许是缓解长期以来的国际战争的一剂良药。政治权力的洗牌逐渐使得教会走向从属地位，这个过程涉及从教会建立到君主政体的一系列权力和资源的重要的重新分配。“世俗化”这一新词被创造出来是在16世纪晚期，它最初是指“商品从教会财产变为世俗财产的转让”。这是一个全新的实验。这与西方发现自然法的必然性不可同日而语，“世俗化”完全是一次偶然性的发展。它根植于欧洲的很大一部分原因是它反映了正在推动政教分离的新的权力结构。
这些发展要求一种对宗教的全新理解。这正是由第一个提议政教分离的欧洲人马丁路德所提出的。在中世纪，天主教基本上已经成为公共的信仰，人们通过集体生活来体验宗教的神圣。但对路德来说，当基督徒独自站在他的主面前时，只有他的圣经可依赖。路德对人类负罪的敏锐感知使他早在16世纪初就主张建立绝对主义国家，虽然这在接下来的一百年里都未能成为政治现实。路德认为，国家的首要任务是通过强制力约束罪恶，“就像用铁链和绳索把一头凶猛狂暴的野兽捆绑起来一样。”国家的独立和主权正反映了个人独立自由的愿景。作为一个本质上主观的、个人的对于国家没有管辖权的追求，路德的这种宗教观是现代世俗理想的基础。①
