1924年5月，54岁的八世哲布尊丹巴突然圆寂，虽被称为寿终正寝，但也有传言，他是被新政府用毒杀的方式秘密处决的。在他遇害6个月后，外蒙古君主制被废黜，“蒙古人民共和国”宣布成立。而到5年后，蒙古国政府正式宣布中断哲布尊丹巴的转世。

当八世哲布尊丹巴在洪流中全力挣扎时，七世章嘉则相对顺风顺水。章嘉与哲布尊丹巴不同，他虽是内蒙古最高宗教领袖，但历世章嘉均以国师的身份常驻北京，并没有如哲布尊丹巴在外蒙古一般与内蒙古的教民有着割扯不断的紧密联系；而其地位的尊荣，完全在于中央政府的扶持，至于这个中央政府是清朝皇帝还是民国总统，都并不重要。

1912年，外蒙古库伦政府宣布“独立”，并传谕内蒙古、新疆及青海各蒙旗，要求他们“一体归顺”。七世章嘉早就发表声明“赞成共和”，见中央政府需要，立即不辞劳苦，出面劝导王公们放弃独立主张。袁世凯为酬其功，章嘉系统正式从大清帝国的国师转变为中华民国的国师。

待到1927年，南京国民政府成为中国的中央政府，七世章嘉第一时间遣使致贺，表示拥护。而国民政府也投桃报李，1929年在南京设立“大国师章嘉呼图克图驻京办事处”。1930年更任命七世章嘉为南京国民政府蒙藏委员会委员。1932年4月,国民政府又任命七世章嘉为“蒙旗宣化使”，委以劝导内蒙古服从中央的重任。而随着日本的步步进逼，七世章嘉的“蒙旗宣化使”更进一步开始宣传民族团结、御侮图存。

“七七事变”后，日军大举进犯河北、山西，七世章嘉的驻锡地五台山也暴露在枪炮之下。日人对之多方威逼利诱，希图将之控制在手中。而七世章嘉不为所动，跟随国民政府辗转各地，宣传抗战。

抗战胜利后，为表彰七世章嘉的功绩，国民政府加封“护国净觉辅教大师”尊号，并继太虚法师之后当选为全国佛教会理事长。不但宗教地位登峰造极，政治地位也与日俱增：1947年行宪国民大会时当选为国大代表，1948年又被聘为总统府资政。

然而，抗战的结束并非动乱的结束，而是另一场大变革的开始，国共之战随之全面展开，已经元气耗尽的国民党政府节节败退，不过三年时间，江山易主已成定局。

七世章嘉也面临着八世哲布尊丹巴当年的困局，一向无论中央是谁都尊奉之的七世章嘉这一回却改变了“一定之规”，对国民党政府不离不弃，于1949年从成都乘机飞往台湾。

哲布尊丹巴世系的恢复

按说，哲布尊丹巴系统的断绝比章嘉系统更早，境况也更为糟糕，为何在章嘉已无望重铸辉煌之时，哲布尊丹巴却能绝境逢生呢？而自1991年苏联解体后，曾是外蒙古的蒙古国已经宗教信仰自由，又为何迟到2011年，九世哲布尊丹巴才能回到自己的法座呢？

1924年八世哲布尊丹巴圆寂后，虽然蒙古国政府宣布废除君主制，但僧团的喇嘛们仍然在博格达汗乌拉省(现色楞格省宗哈喇县)找到一个名为图德布·罗布桑道日吉的男孩，将之选定为八世哲布尊丹巴的转世灵童，并向达赖和班禅申请认定。

此时，九世班禅因为与十三世达赖关系破裂而流亡中国内地，在得到申请后，认定了灵童。

但十三世达赖则认为，按照前清旧制，哲布尊丹巴除一、二世外，其余六世都在藏区转世，因此没有认定。

蒙古僧团的活动，使得蒙古国政府颇为紧张。1925年发布通告，指出转世灵童的父亲是应该被消灭的世袭贵族，这等于宣布了灵童的不合法。1929年2月,蒙古国政府正式作出决定，宣布从即日起不承认任何活佛的转世。

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